laporan praktikum sistematika mikroba

Pekanbaru, 2 November 2012

Laporan Praktikum Sistematika Mikroba

KLASIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE

TAKSONOMI NUMERIK-FENETIK

ABDI NAZIRWAN

1003113332

Kelompok II (Dua)

Kelas Mikro B

JURUSAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS RIAU

2012

I.PENDAHULUAN

1.1           Latar Belakang

Bakteri adalah bagian dari studi mikrobiologi, yaitu ilmu  yang  mempelajari mikrobia. Di dalam mikrobiologi, bakteri dimasukkan dalam dunia bakteri. Dunia lain yangdipelajari dalam mikrobiologi mencakup dunia fungi, arkhaea, protista, dan organism aseluler (virus), dan menempati domain bacteria semua anggota domain ini memiliki kesamaan yaitu untuk memperbanyaknya menggunakan metode khusus yaitu kultur murnisecara aseptis (Waluyo,2005)

Sistematika mikroba merupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman mikrobia dan hubungan antar sesamanya, baik hubungan yang bersifat kemiripan (fenetik) maupun yang bersifat kekerabatan (filogenetis). Cakupan kajian dalam sistematika meliputi klasifikasi, tata nama, dan identifikasi. Klasifikasi merupakan suatu alat untuk mengelompokkan organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan ataupun kekerabatan. Identifikasi adalah proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan. (Pelczar, 2008).

Terdapat tiga macam cara klasifikasi yaitu : klasifikasi artifisial, klasifikasi fenetik, dan klasifikasi filogenetik. Salah satu penerapan klasifikasi fenetik adalah pada taksonomi numerik (numerical taxonomy).

Ada dua macam Koefisien Asosiasi yaitu Simple Matching Coefisient (SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SJ tidak memperhatikan sifat yang sama-sama tidak dimiliki (negatif). Sedangkan pada SSM semua sifat yang ada dilihat dan digunakan.

Adapun dalam pengklasifikasian suatu bakteri, kriteria yang dipakai antara lain adalah karakter morfologi yang meliputi ukuran, bentuk, sifat pengecatan, sifat biokimia dan lain-lain. Karakter kultur dan karakter koloni, meliputi bentuk koloni, elevasi, translucency dan warna. Karakteristik biokimia,  meliputi fermentasi,  hidrolisis, produksi indol, reduksi dan produksi enzim spesifik. Karakter fisiologi meliputi range suhu pertumbuhan, pH dan lain-lain.

Setelah IS dari masing-masing OTU diketahui, disusun matriks IS antar OTU dengan menyusun IS dari yang terbesar hingga yang terkecil. Kemudian dari matriks IS tersebut akan diperoleh dendogram. Metode yang biasa digunakan dalam pembuatan dendogram adalah average linkage clustering  (=UPGMA; unwieghted pair-group method using arithmetic averages) yaitu suatu klaster akan menggabung ke klaster tertentu pada suatu nilai yang dihitung tersendiri, yaitu rata-rata nilai IS anggota klaster tersebut. Dari hasil yang diperoleh dapat dilihat hubungan kekerabatanantar bakteri. Namun hubungan kekerabatan ini bersifat fenetis, sehingga bakteri-bakteri yang memiliki tingkat similaritas tinggi belum tentu memiliki hubungan filogenetis yang dekat.

1.2          Tujuan

Ø  Memperkenalkan prosedur taksonomi numeric fenetik dalam klasifikasi bakteri.

Ø  Melihat bentuk morfologi koloni bakteri.

Ø  Melihat bentuk morfologi sel bakteri.

Ø  Untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghidrolisis pati.

Ø  Untuk mengetahui kemampuan bakteri dalam menghidrolisis kasein.

Ø  Mengetahui kemampuan bakteri dalam pencairan gelatin.

Ø  Mengetahui kemampuan bakteri dalam mereduksi methylen blue.

Ø  Mendeteksi adanya enzim katalase pada bakteri.

Ø  Mendeteksi kemampuan bakteri dalam hal mengoksidase.

Ø  Mendeteksi kemampuan bakteri menfermentasi karbohidrat.

II.TINJAUAN PUSTAKA

Praktek taksonomi numerik- fenetik merupakan proses penataan organisme ke dalam suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan (nilai similaritas) secara kuantitatif. Aplikasi bidang ini memegang peran penting sebagai suatu dasar dalam menyusun sistem identifikasi. Sneath dan Sokal (1973) dalam Priest dan Austin (1993), mendefinisikan taksonomi numerik sebagai pengelompokkan dengan menggunakan metode numerik dari unit taksonomik ke dalam suatu taksa berdasarkan karakteristik-karakteristik yang dimiliki. Prinsip dasar dalam taksonomi numerik adalah taksonomi yang menggunakan sebanyak-banyaknya karakter biologis suatu organisme yang disebut Operational Taxonomic Units (OTU). Semakin banyak informasi (karakter) yang ada maka akan dihasilkan pengelompokkan yang bersifat teliti, reprodusibel serta padat informasi.( Austin. 1993)

Taksonomi numerik merupakan suatu kajian kekerabatan taxa dengan mengaplikasikan nilai similaritas setiap karakter sehingga dapat dibuat tingkatan kategori berdasarkan derajat atau indeks similaritas. Taksonomi numerik membutuhkan informasi mengenai ciri-ciri yang tidak berkaitan. Setiap ciri diberi bobot yang sama dalam membentuk taksa. Kesamaan menyeluruh didasarkan pada proporsi ciri-ciri yang dimiliki bersama. Taksonomi numeris memiliki dua keuntungan. Taksonomi numerik mendeskripsikan persamaan, kemiripan, dan perbedaan karakteristik bakteri. Jaccard similarity coefficient (S_J) menyatakan sifat-sifat yang positif saja, sementara Simple matching coefficient (S_SM) menyatakan sifat-sifat yang positif dan negatif. Kedua koefisien tersebut menggambarkan persentase sifat-sifat yang sama antarorganisme. (Hadioetomo, 1993)

Isolat bakteri yang diperoleh diamati morfologi koloni dengan melihat bentuk koloni, warna, tepian dan elevasi pada medium agar lempeng, agar tegak dan agar miring. Sedangkan morfologi sel ditentukan dengan melihat olesan biakan yang sudah diwarnai dibawah mikroskop dan melihat bagaimana bentuk sel, sifat gram dan kemampuan membentuk spora dari bakteri tersebut (Pelczar & Chan, 2008).

Karakterisasi yang lain yang dapat digunakan adalah karakter dari sifat biokimia atau sifat metabolisme. Sifat metabolisme bakteri dalam uji biokimia biasanya dilihat dari interaksi metabolit-metabolit yang dihasilkan dengan reagen-reagen kimia. Selain itu dilihat kemampuannya menggunakan senyawa tertentu sebagai sumber karbon dan sumber energi (Waluyo, 2004).

Medium selektif yang dapat digunakan untuk mengisolasi E.coli misalnya DHL (Desoxycholate Hydrogen Sulfide Lactose) agar atau MacConkey Agar. Koloni E.coli pada DHL dan MacConkey Agar berwarna merah dan dikelilingi oleh areal yang menunjukkan pengendapan bile. E.coli akan menfermentasi laktosa di dalam medium menjadi asam, sehingga mengakibatkan terjadinya pengendapan bila dan penyerapan indikator merah netral. (Fardiaz, 1992).

Kebanyakan bakteri aerobik dan anaerobik fakultatif akan memproduksi hidrogen peroksida yang bersifat toksik terhadap bakteri yang masih hidup. Untuk menjaga kelangsungan hidupnya, sejumlah bakteri mampu menghasilkan enzim katalase yang memecah H2O2 menjadi air dan oksigen sehingga sifat toksiknya hilang (Pelczar dan Chan, 2008).

Matinya bakteri-bakteri anerobik obligat bila ada oksigen disebabkan karena tidak adanya pembentukan enzim katalase sehingga H2O2 meracuni bakteri itu sendiri. Ada tidaknya pembentukan enzim katalase dapat membantu pembedaan kelompok-kelompok bakteri tertentu. Pada uji katalase, kebanyakan bakteri aerob dan anaerob menggunakan oksigen H2O2 yang sesungguhnya bersifat racun bagi sistem-sistem enzim sendiri. Namun, mereka tetap dapat hidup dengan adanya racun tersebut karena akan meghasilkan enzim katalase (Hadieotomo, 1993).

Uji katalase merupakan suatu pengujian terhadap bakteri tertentu untuk mengetahui apakah bakteri tersebut merupakan bakteri aerob, anaerob fakultatif, atau anaerob obligat. Bakteri yang memerlukan oksigen manghasilkan hidrogen peroksida (H2O2) yang sebenarnya beracun bagi bakteri sendiri. Namun mereka dapat tetap hidup dengan adanya antimetabolit tersebut karena mereka menghasilkan enzim katalase yang dapat mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen
(Volk & Wheeler, 1993)

Contoh pada hidrolisis gelatin dimana protein diperoleh dari hidrolisis kalogen, yaitu zat pada jaringan penghubung dan tendon dari hewan. Gelatin akan terurai oleh mikrobia yang mensintesis enzim proteolisis. Larutan gelatin bersifat cair pada suhu ruang atau suhu kamar dan padat apabila berada di dalam refrigerator. Dan apabila gelatin sudah dihidrolisis oleh mikroba, maka akan tetap bersifat cair
(Hadioetomo, 1993).

Gelatin diperoleh dengan mendidihkan bahan hewani yang mengandung kolagen, namun gelatin bukanlah protein yang sama tipenya dengan kolagen. Ternyata bobot molekul gelatin hanyalah sepertiga kolagen. Agaknya dalam pembentukan gelatin, molekul tropokolagen terurai dan tiap helai membuat ikatan-ikatan hidrogen dalam air, menghasilkan pembentukan gel yang khas (Fessenden & Fessenden, 2006).

III. METODE KERJA

3.1       Morfologi Koloni (pada petri disc)

3.1.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, 3 medium agar di petri, alcohol dan spirus. Alat yang digunakan antara lain cawan petri, tabung reaksi dan jarum ose.

3.1.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B dengan menggunakan jarum ose.

3.      Distreakkan bakteri tersebut ke dalam medium cawan petri.

4.      Di inkubasi medium tersebut selama 24 jam.

5.      Dilakukan langkah di atas untuk isolat 2 sampai 5.

6.      Di amati bagaimana morfologi dari koloni tersebut.

3.2       Pertumbuhan Mikroba Pada Medium Cair (NB)

3.2.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, 5 medium cair NB, alcohol dan spritus. Alat yang digunakan antara lain tabung reaksi dan jarum ose.

3.2.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Di sediakan alat dan bahan, dilakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B dengan jarum ose.

3.      Di inokulasikan bakteri ke dalam medium cair NB.

4.      Di inkubasikan medium tersebut selama 24 jam.

5.      Dilakukan langkah di atas untuk isolat 2 sampai 5.

6.      Dimati bagaimana pertumbuhan mikroba dari masing-masing isolat.

3.3       Pertumbuhan Mikroba Pada Agar Miring

3.3.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, medium agar miring, alcohol dan spritus. Alat yang digunakan antara lain jarum ose dan tabung reaksi.

3.3.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B menggunakan jarum ose.

3.      Di inokilasikan ke dalam medium agar miring secara garis lurus.

4.      Di inkubasikan medium tersebut selama 24 jam.

5.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

6.      Diamati bagaimana pertumbuhan mikroba dari masing-masing isolate.

3.4       Pertumbuhan Bakteri Pada Medium Agar Tegak

3.4.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, medium agar tegak, alcohol dan spritus. Alat yang digunakan antara lain jarum ose dan tabung reaksi.

3.4.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B menggunakan jarum ose.

3.      Di inokilasikan ke dalam medium agar tegak  secara garis lurus.

4.      Di inkubasikan medium  tersebut selama 24 jam.

5.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

6.      Diamati bagaimana pertumbuhan mikroba dari masing-masing isolate.

3.5       Morfologi Sel (Pewarnaan Gram)

3.5.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, alcohol, larutan Kristal violet, larutan iodine, larutan safranin dan aquades. Alat yang digunakan antara lain pipet tetes, tabung reaksi, jarum ose, objek glass, mikroskop.

3.5.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Dibersihkan glass objek dengan alcohol, lalu di lewatkan di atas api lampu spritus.

3.      Di teteskan aquades sedikit k eats glass objek.

4.      Diambil bakteri dari isolate B menggunakan jarum ose kemudian di letakkan di atas glass objek.

5.      Di fiksasi glass objek tersebut.

6.      Diberi larutan Kristal violet selama 30 detik. Setelah itu dicuci dengan aquades mengalir dan dikering anginkan.

7.      Diberi larutan iodine selama 30 detik. Setelah itu dicuci dengan aquades mengalir dan dikering anginkan.

8.      Diberi alcohol selama 30 detik. Setelah itu dicuci dengan aquades mengalir dan dikering anginkan.

9.      Diberi larutan safranin selama 30 detik. Setelah itu dicuci dengan aquades mengalir dan dikering anginkan.

10.  Diamati glass objek tersebut di bawah mikroskop.

11.  Dilihat bagaimana bentuk sel, ada atau tidak spora, apakah bakteri gram + atau gram -, dan warna dari sel bakteri tersebut.

12.  Dilakukan langkah diatas untuk isolat 2 sampai 5.

3.6       Pewarnaan Spora

3.6.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, larutan malachite green, larutan safranin, aquades dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain jarum ose, pipet tetes, mikroskop dan kawat kasa.

3.6.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B menggunakan jarum ose.

3.      Di letakkan di atas glass objek yang sudah steril.

4.      Diberi laruatn malachite green beberapa tetes dan di letakkan di atas penangas air selama 5 menit. Jika tepi mongering, ditambah lagi larutan malachite green.

5.      Dicuci dengan aquades mengalir dan dikering anginkan.

6.      Diberi larutan safranin selama 45 detik, dicuci dengan aquades dan dikering anginkan.

7.      Diamati di bawah mikroskop apakah ada terbentuk spora atau tidak.

8.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.7       Pewarnaan Tahan Asam

3.7.1    Bahan dan Alat

Bahan yamg digunakan antara lain 5 isolat bakteri, larutan karbol fuksin, aquades, alcohol asam, larutan metilen blue.  Alat yag digunakan antara lain pipet tetes, glass objek dan tabung rekasi.

3.7.2    Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Dibersihkan kaca objek dan di inokulasikan bakteri dari isolate B

3.      Diberi larutan karbol fuksin, difiksasi selama 5 menit, dicuci dengan aquades dan dikering anginkan.

4.      Di celupkan kedalam alcohol asam selama 15 detik, dicuci dengan aquades dan dikering anginkan.

5.      Diberi larutan metilen blue selama 2 menit, dicuci dengan aquades dan dikeringkan dengan tisu.

6.      Diamati dibawah mikroskop, jika berwarna biru berarti negative dan berwarna merah berarti positif.

7.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.8       Hidrolisis Pati

3.8.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bekteri, medium agar cawan petri, larutan JKJ, dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain pipet tetes dan jarum ose.

3.8.2    Langkah Kerja

   Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Di inokulasikan bakteri dari isolate B ke dalam medium agar cawan petri dengan menggunakan jarum ose dengan cara di totol, kemudian medium tersebut di inkubasikan selama 1 hari.

3.      Diberi larutan JKJ beberapa tetes, didiamkan selama beberapa menit.

4.      Diamati adanya zona jernih pada medium tersebut.

5.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.9       Uji Oksidase

3.9.1    Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, larutan dimetil p-fenildiamina hidroklorida 1%, dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain pipet tetes, kertas saring, dan jarum ose.

3.9.2    Langkah Kerja

Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B menggunakan jarum ose.

3.      Di letakkan di atas kertas saring.

4.      Di beri larutan dimetil p-fenildiamina hidroklorida 1% beberapa tetes.

5.      Diamati apakah ada perubahan warna menjadi merah muda, lalu merah tua, merah gelap dan akhirnya hitam.

6.      Dilakukan langkah di atas untuk isolat 2 sampai 5.

3.10     Uji Katalase

3.10.1 Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, larutan H202 30%, dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain pipet tetes, glass objek, dan jarum ose.

3.10.2 Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolat B menggunakan jarum ose.

3.      Di letakkan di atas glass objek.

4.      Di beri larutan H2O2 30% beberapa tetes.

5.      Diamati apakah terbentuk gelembung atau tidak setelah di beri larutan H2O2 30%.

6.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.11     Pencairan Gelatin

3.11.1 Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 isolat bakteri, medium gelatin tegak dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain jarum ose dan tabung reaksi.

3.11.2 Langkah Kerja

  Langkah kerja dari percobaan ini antara lain :

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Di inokulasikan bakteri dari isolate B ke dalam medium gelatin tegak menggunakan jarum ose dengan cara di aduk-aduk.

3.      Di inkubasi medium tersebut selama 1 hari.

4.      Di masukkan ke dalam kulkas selama 1 jam.

5.      Di amati apakah medium gelatin tegak itu memadat atau tidak. Jika memadat berarti positif.

6.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.12     Reduksi Metylen Blue

3.12.1 Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain medium cair NB, 5 kultur bakteri dan larutan metylen blue. Alat yang digunakan antar lain jarum ose dan tabung reaksi.

3.12.2 Langkah Kerja

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolate B menggunakan jarum ose.

3.      Di inokulasikan ke dalam medium cair NB.

4.      Di tambahkan beberapa tetes larutan metylen blue.

5.      Diamati perubahan warna biru menjadi hilang. Catat berapa lama waktu yang di perlukan untuk perubahan warna.

6.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.13     Uji Hidrolisis Kasein

3.13.1 Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain medium kasein, 5 kultur bakteri dan alcohol. Alat yang digunakan antara lain jarum ose dan tabung reaksi.

3.13.2 Langkah Kerja

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Diambil bakteri dari isolate B menggunakan jarum ose.

3.      Di inokulasikan ke dalam medium kasein dengan cara di totol.

4.      Di inkubasi selama 48 jam.

5.      Diamtai apakah terbentuk zona jernih atau tidak.

6.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

3.14     Fermentasi Karbohidrat

3.14.1  Bahan dan Alat

Bahan yang digunakan antara lain 5 kultur bakteri, larutan glukosa, larutan sukrosa, larutan laktosa dan indicator phenol red. Alat yang digunakan antara lain jarum ose, tabung reaksi dan tabung durham.

3.14.2  Langkah Kerja

1.      Disediakan alat dan bahan, lakukan dengan metode aseptis.

2.      Ditambahkan indicator phenol red dan di masukkan tabung durham ke dalam larutan glukosa, sukrosa dan laktosa. Jangan sampai ada gelembung udara.

3.      Diambil bakteri dari isolate B menggunakan jarum ose.

4.      Di inokulasikan ke dalam larutan glukosa, sukrosa dan laktosa, kemudian diaduk.

5.      Di inkubasikan masing-masing larutan selama 2 hari.

6.      Diamati perubahan warna menjadi kuning atau oren dan ada terbentuk gas atau tidak.

7.      Dilakukan langkah di atas untuk isolate 2 sampai 5.

4.2 PEMBAHASAN

Pada praktikum ini dilakukan karakterisasi dan identifikasi terhadap lima strain mikroba yang belum diketahui dengan menggunakan berbagai karakter uji yang meliputi uji morfologi morfologi, baik koloni ataupun sel, dan pengujian sifat biokimia. Jumlah karakter yang digunakan adalah sebanyak 61 karakter. Jumlah karakter ini memenuhi ukuran karakter uji minimal yang disyaratkan, yaitu sejumlah 50 karakter. Semakin tinggi nilai similaritas antara kedua strain, maka bias dikatakan kedua strain tersebut memiliki banyak kemiripan, sehingga nilai indeks similaritas antar kedua strain dapat digunakan untuk memasukkan bakteri ke dalam suatu kelompok tertentu. Berdasarkan konsep takso spesies, suatu individu termasuk kedalam jenis spesies yang sama jika memiliki indeks similaritas lebih dari 70%.

Diantara karakter-karakter yang diuji beberapa diantaranya adalah pengujian sifat mikroba dalam menghidrolisis pati. Adanya zona bening pada sekitar koloni bakteri menunjukkan hasil positif terhadap hidrolisis pati. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri mampu mengurai pati menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana yang dapat digunakan untuk aktivitas metabolisme bakteri tersebut.

Pada percobaan pencairan gelatin hasil negatif ditandai dengan memadat nya gelatin yang ditempatkan pada kulkas atau tempat yang dingin. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri yang dikulturkan pada media gelatin tidak memiliki kemampuan dalam hal pencairan gelatin.

Uji katalase terdapat gelembung udara yang  menunjukkan hasil negatif bagi reduksi H₂O₂. Bakteri katalase positif tidak bisa menghasilkan gelembung-gelembung oksigen karena adanya pemecahan H₂O₂ (hidrogen peroksida) oleh enzim katalase yang dihasilkan oleh bakteri itu sendiri. Komponen H₂O₂ ini merupakan salah satu hasil respirasi aerobik bakteri, dimana hasil respirasi tersebut justru dapat menghambat pertumbuhan bakteri karena bersifat toksik bagi bakteri itu sendiri. Oleh karena itu, komponen ini harus dipecah agar tidak bersifat toksik lagi. (Jutono, Hartadi dan Susanto, 1973)

Data yang didapat kemudian disajikan dalam bentuk tabel . Data kemudian diolah untuk selanjutnya dicari nilai indeks similaritasnya (IS) antara kelima strain mikroba tersebut dengan menggunakan dua macam koefisien indeks similaritas yakni Simple Matching Coeficient (SSM) dan Jaccard Coeficient (SJ). Pada SSM semua sifat baik nilai positif-positif, berbeda, ataupun negatif-negatif digunakan. Sedangkan pada SJ, nilai negatif-negatif pada dua strain yang dibandingkan tidak digunakan.

Setelah diperoleh indeks similaritas, kemudian dilakukan analisis klastering dengan nilai tertinggi yang menunjukkan pasangan paling sama dari OTU (Operational Taxonomy Unit). Kemudian hasil dari analisis klastering tersebut digambarkan dalam bentuk dendogram.

Dari hasil dendogram terlihat bahwa terdapat perbedaan dalam klasifikasi OTU antara koefisien SSM dan SJ. Pada dendogram SSM semua strain terlihat berkelompok atau menyatu pada nilai 68,4% Hal tersebut menunjukkan bahwa kelima strain bakteri yang diuji memiliki tingkat similaritas yang cukup tinggi, tetapi hanya ada tiga spesies yang berada pada kekerabatan lbih 70%, dimana dalam hal kekerabatan suatu strain jika lebih sama atau lebih dari 70% maka dikatakan masih dalam satu spesies.

Pada dendogram SJ memperlihatkan hasil yang jauh berbeda dengan hasil pada SSM. Pada dendogram SJ semua strain terpisah dinilai yang kurang dari 70% yang artinya semua strain yang diuji merupakan lima spesies yang berbeda.

Dari kedua macam analisis yang digunakan, analisis dengan menggunakan SSM lebih bisa dipercaya karena analisis ini memperhatikan semua sifat yang ada pada dua strain yang dibandingkan, baik itu sifat positif-positif, berbeda, ataupun sifat negatif-negatif. Berbeda halnya dengan analisis secara SJ. Analisis ini tidak memperhatikan sifat yang sama-sama tidak dimiliki oleh kedua strain, sehingga terlihat ada kekurangan dalam hal yang diamati.

V.KESIMPULAN

Dari hasil praktikum ini dapat disimpulkan adalah:

1.      Taksonomi numerik merupakan suatu kajian kekerabatan taxa dengan mengaplikasikan nilai similaritas setiap karakter sehingga dapat dibuat tingkatan kategori berdasarkan derajat atau indeks similaritas.

2.      berdasarkan dendogram, koefisien asosiasi secara SSM membagi tiga strain mikroba kedalam 1 spesies yang sama.

3.      berdasarkan dendogram, koefisien asosiasi secara SSJ membagi kelima strain mikroba kedalam 5 spesies yang berbeda.

4.      Koefisien asosiasi secara SSM lebih dapat dipercaya kebenarannya karena dalam asosiasi ini semua karakter yang ada pada kedua strain yang dibandingkan tetap dipakai.

DAFTAR PUSTAKA

§  Fardiaz, S. 1992. Mikrobiologi Pangan 1. Gramedia Pustaka Utama. Jakarta.

§  Fessenden & Fessenden. 2006. Kimia Organik Jilid  2. Erlangga. Jakarta.

§  Hadioetomo, R.S. 1993. Teknik dan Prosedur Dasar Laboratorium Mikrobiologi. Gramedia. Jakarta.

§  Jutono, J., Soedarsono, Hartadi, S., Kabirun, S., & Susanto. 1973. Pedoman Praktikum Mikrobiologi Umum Untuk Perguruan Tinggi. Universitas Gadjah Mada. Yokyakarta.

§  Pelczar J. Michaeal, Jr. E.C.S Chan. 2008. Dasar-dasar Mikrobiologi.  UI Press. Jakarta.

§  Priest,F., and B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy, 2^nd Ed. Chapman &         Hall. London.

§  Volk dan Wheeler. 1993. Mikrobiologi Dasar, Jilid 1. Edisi kelima. Erlangga.
Jakarta.

§  Waluyo, L. 2004. Mikrobiologi Umum. Universitas Muhamadiyah Malang. Malang.

§  Waluyo, L. 2005. Mikrobiologi Umum.edisi ke-2. UMM-Press. Malang. hal: 15-16,2